与许多其他癌症相比,肝癌,特别是肝细胞癌(HCC)的发病率更高。由于早期HCC通常表现为无症状,大多数患者在确诊时已进入晚期。因此,现阶段亟需有效的早期监测策略来应对肝细胞癌的威胁。在这种背景下,发现与HCC相关的前诊断生物标志物显得尤为重要。
2024年8月,美国布莱根妇女医院的研究团队在《Journal of the National Cancer Institute》上发布了题为“Pre-diagnostic plasma proteomics profile for hepatocellular carcinoma”的研究报告。他们利用SomaScan平台对108名HCC患者及健康对照者的血浆蛋白进行了目标高通量检测,识别出56种作为潜在肝细胞癌生物标志物的蛋白质,并基于四种蛋白建立了一个预测模型,展现出了较高的预测性能。
研究材料
本研究采用了来自护士健康研究(NHS)和卫生专业人员随访研究(HPFS)队列的54对HCC患者及基线匹配的无肝病对照者的血浆,以及英国生物样本库制药蛋白组学项目(UKB-PPP)的验证队列血浆样本。
技术路线
技术路线主要分为以下四个步骤:
- 识别与HCC相关的前诊断差异表达蛋白。
- 对HCC和健康对照患者的前诊断失调蛋白进行系统生物学分析。
- 通过ELISA对选定的蛋白质进行验证。
- 通过Olink对选定蛋白进行独立验证。
研究结果
1. 鉴定差异表达的诊断蛋白
在NHS/HPFS队列中,通过SomaScan分析1305种蛋白,发现121种蛋白在HCC组与非HCC组之间存在显著差异。然而,由于样本量的限制,这些蛋白在使用假发现率(FDR)校正后未能保持显著性。在这121种蛋白中,56种在HCC患者中表现为上调。
2. 系统生物学分析诊断前失调蛋白
作者对56种与HCC发生相关的蛋白进行IPA分析,发现这些蛋白在统计学上显著关联到炎症过程、免疫功能及细胞活力等生物学功能。利用STRING数据库进行的蛋白质-蛋白质相互作用分析显示,这些蛋白质涉及到蛋白质水解、粘附、血管功能和代谢等网络。主要的上游调节因子为炎症和免疫调节因子,如TNF、TGFβ1、IL1和MYD88等。
3. 通过免疫测定验证并构建标志物模型
通过ELISA对选定的四种蛋白(CHI3L1、GDF15、SELE和IL1RN)进行验证。结果显示,SomaScan与ELISA之间的Spearman相关系数介于0.67至0.85,表明两者之间有中高相关性。逻辑回归模型的AUC达到了0.83,高于传统基础模型的0.67,并在纳入四种蛋白后的AUC提升至0.87,灵敏度为0.76,特异度为0.85。
4. 使用Olink对独立队列进行验证
在UKB-PPP队列中,Olink验证结果显示上述四种蛋白与HCC呈正相关。在纳入四种蛋白后的逻辑回归模型中,AUC达到了0.88,灵敏度为0.80,特异度为0.88。此外,在该队列的62例肝硬化患者中,5名患者在随访期间发展成HCC,与非HCC参与者相比,HCC发展的肝硬化患者CHI3L1(P=0.004)和GDF15(P=0.047)水平较高。
小结
本研究利用SomaScan高通量靶向蛋白质组学技术,筛选出56种与HCC发展相关的血浆蛋白。其中,四种与癌症相关的已知蛋白经过ELISA和Olink验证被认为是HCC的早期预测标志物,可显著提高现有经典模型的预测能力。
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